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李婷婷课题组Nucleic Acids Res 发文报告蛋白质液-液相分离数据库(PhaSepDB)

发布日期:2019-10-17    浏览次数:

  

  2019年10月4日,北京大学基础医学院医学生物信息学系李婷婷研究组、清华大学陈阳研究组、欧洲生物信息研究所Henning Hermjakob研究组在Nucleic Acids Research杂志上在线发表文章“PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins”,发布了目前首个包含体内外实验验证的液-液相分离相关蛋白质数据库PhaSepDB(图1),为进一步研究体内外蛋白质液-液相分离形成机制、蛋白特征以及在病理过程中潜在作用提供数据支持。

  

   

  图1:PhaSepDB数据收集流程及数据库架构

  蛋白质液-液相分离(Liquid-liquid phase separation, LLPS),是细胞内众多无膜细胞器(membraneless organelles)和生物分子凝聚体(biomolecular condensates)动态组装的主要驱动力。鉴定相分离蛋白需要多种实验,其中,体外重构相分离实验通过严格控制各种条件,可以更方便地研究相分离现象;而细胞内,尤其是生理条件下相分离现象的鉴别检测,对于研究相分离蛋白的生物学功能不可或缺。近年来,围绕相分离的研究不断涌现,发现了各种新的相分离相关蛋白,涉及到许多重要的生物学过程。但是,领域内却缺乏系统性整合体内外实验验证的相分离相关蛋白数据库。

  PhaSepDB对近年来发表文献、Uniprot数据库内已有相分离相关蛋白信息进行人工记录及整合,目前已收录2914个相关蛋白的4018条信息,涵盖三十多种无膜细胞器,提供相分离相关蛋白介绍、蛋白物质状态、相关突变或疾病、对应文献内容、相分离相关序列特征分析以及免疫荧光图像;同时,相应网站(http://db.phasep.pro/)提供基于无膜细胞器的图形化导航(图2),并支持搜索以及下载相分离相关蛋白。数据库将会持续更新,欢迎大家使用并提供宝贵意见。

  图2:数据库图形化导航

  北京大学基础医学院八年制博士生游铠强、第二临床医学院八年制本科生黄齐、基础医学院八年制博士生余春雨为论文共同第一作者,李婷婷副教授、陈阳助理研究员、Henning Hermjakob研究员为共同通讯作者。

  

  原文链接:https://doi.org/10.1093/nar/gkz847