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2019年国家级继续教育项目分子模拟技术在生命科学中的应用培训班通知

发布日期:2019-10-16    浏览次数:

 

 

 

 

2019年国家级继续教育项目

分子模拟技术在生命科学中的应用培训班通知

由北京大学基础医学院主办的分子模拟技术在生命科学中的应用培训班“(项目编号2019-02-08-003(国)) 将20191115-17在北京大学医学部逸夫楼811教室举办,培训为期三天
     
本次培训旨在提高对生命科学中多种经典的分子模拟技术(同源建模、分子对接、分子动力学模拟(GPU)、蛋白对接、蛋白设计药效团)的系统掌握,同时依托综合性应用于生命科学领域的Discovery Studio分子模拟平台,通过上机加深对操作流程、参数设置技巧、结果分析的理解,提升解决问题的应用能力,以辅助进行生命科学的研究,内容涉及虚拟筛选、药物设计、基于小分子结构的靶标预测、酶、抗体等蛋白结构功能研究设计等。具体培训内容已在一轮通知中写明。现将详细课表及收费方式、标准等通知如下。

一、培训方式

  • 专业针对分子模拟进行系统培训,培训模式结合了理论授课及上机操作;
  • 通过文献案例分析介绍多种经典的分子模拟技术,及相应功能模块的原理介绍;
  • 通过上机操作讲解每种计算方法的具体操作流程及参数设置,进行实战演练,有利于全方位的熟悉并掌握分子模拟技术并应用于生命科学领域。

二、培训对象

       所有对分子模拟感兴趣、希望了解分子模拟并将模拟技术应用于药物研发、蛋白结构功能研究、抗体研究、酶研究、多肽研究等领域的科研人员;所有对DS感兴趣、希望进一步系统掌握DS平台中经典功能的原理及应用并能够快速上机模拟操作相关课题的老师和同学等。

三、培训日程

 

日期

时间

培训内容

第一天

07:00-08:45

报到和注册

报到地点:北京大学医学部

08:45-10:15

Discovery Studio基本界面

DS基础界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作

10:15-10:30

休息

10:30-12:00

蛋白质三维结构的预测-同源建模MODELER

同源建模核心原理介绍,同源建模参数设置讲解。

12:00-13:30

午餐

13:30-14:45

蛋白质三维结构的预测-同源建模MODELER

同源模建实际操作技巧及结果分析。

14:45-15:00

休息

15:00-16:45

蛋白-小分子对接LibDOCK

分子对接的核心与原理,蛋白活性位点定义方法,分子对接结果的分析,最优对接构象的选取方法,LibDOCK的原理、参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

 

16:45-17:00

课程讨论及答疑

第二天

08:45-10:15

蛋白-小分子对接CDOCKER、Flexible Docking

作用机理的解释手段,CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。

10:15-10:30

休息

10:30-12:00

分子动力学模拟CHARMm-基于GPU的分子动力学模拟计算(NEW!

Discovery Studio软件中分子动力学模拟的工具和方法。包括:分子动力学原理,分子动力学模拟前输入文件的准备和预处理及结果分析等。

12:00-13:30

午餐

13:30-15:00

蛋白-蛋白(抗体-抗原)相互作用预测ZDOCK

抗体-抗原,蛋白-蛋白/核酸/多肽结合模式的确定,结合表面关键残基的分析,原理介绍、案例分析、参数设置、实际操作技巧及结果分析。

15:00-15:15

休息

 

 

15:15-16:45

蛋白设计:蛋白虚拟氨基酸突变

突变位点、突变组合的建议以提高蛋白复合物亲和力或者提高蛋白的热稳性,pH和温度等环境因素的考虑,抗体亲和力成熟,抗体稳定性优化,原理介绍、参数设置、实际操作技巧及结果分析

16:45-17:00

课程讨论及答疑

第三天

8:45-10:15

药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的药物虚筛方法。Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

10:15-10:30

休息

10:30-12:00

药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen

经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法。HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。

12:00-13:30

午餐

13:30-14:45

药效团模型的构建及应用-基于靶标结构的药效团模型构建SBP

SBP方法的原理、实际操作方法。

14:45-15:00

休息

15:00-16:45

药效团模型的构建及应用-基于受体-配体复合物的药效团模型构建CBP基于药效团模型数据库PharmaDB的反向找靶

CBP方法的原理及操作,反向找靶的策略,基于药效团反向找靶的结果分析,靶标的确认方法等。

16:45-17:00

课程讨论及答疑

 

 

 

 

四、培训费用及缴纳方式

培训费用:3400元/

现场报名时缴纳,需刷借记卡。

收款单位:北京大学医学部

开户行:工商银行北京东升路支行

账号:0200 0062 0908 9112 565

五、参加方式

学习班名额最多40,额满截止报名。

1)点击链接:https://www.wjx.top/jq/45332069.aspx  填写相关信息报名

2)扫描二维码填写信息报名

3)直接联系负责人姚老师:13041198237;010-82801747;   1206293953@qq.com 由姚老师登记信息报名

六、联系方式

初老师,010-82801747
姚老师,010-82801747;13041198237

邮箱:1206293953@qq.com

北京大学基础医学院

                                     2019年10月7