刘阳博士，助理教授，副研究员，博士生导师

Email: liu.y@pku.edu.cn

办公地址：北京大学医学部

2017年获北京大学博士学位（师从孔道春教授），随后在北京大学胡家志教授的指导下开展博士后研究，专注于DNA复制、基因组稳定性与肿瘤发生的分子机制，并探讨了基因编辑技术的安全性。在国际上首次揭示了DNA复制叉在复杂染色质环境下的时空组织模式——从复制起始至复制终止，复制叉持续偶联以确保DNA复制的有序完成。近五年，以（共同）第一或通讯作者身份共发表10篇高水平研究论文，包括Science，Nature Genetics，PNAS 等。获批专利1项。荣获北京大学优秀博士后奖（2021）及北京大学-BI博士后奖（2019）。

教育及工作经历

2024.11至今，助理教授（Tenure-track），北京大学基础医学院

2023–2024，助理研究员，北京大学生命科学学院，北京协同创新研究院

2017–2022，博士后，北京大学生命科学学院

2011–2017，理学博士，生物化学与分子生物学，北京大学生命科学学院

2007–2011，理学学士，生物科学，北京师范大学生命科学学院

研究方向

DNA复制是生命的基础，控制着遗传物质从亲代到子代的准确传递。同时，复制紊乱导致的基因组不稳定性是引发癌症、男性不育、人类胚胎早期发育障碍等多种疾病的关键因素之一。在哺乳动物细胞中，DNA复制发生于高度复杂的染色质环境中，其包括多样的表观修饰状态、多层有序的三维结构、转录、DNA损伤修复等重要生物学事件，因此细胞必须精确协调DNA复制与染色质环境之间的相互作用。然而，目前关于这一方向的研究仍有待深入，主要受限于缺乏高效的研究手段。鉴于此，本实验室将围绕DNA 代谢过程中的基因组稳定性维持的分子机制及其与重大疾病发生发展的关系这个关键科学问题，重点开展以下研究：

 1.科学问题导向的高通量测序新技术的开发及应用（专注于DNA复制、损伤修复等DNA代谢过程）；

 2.复杂染色质环境下，DNA代谢过程中基因组稳定性维持的分子机制及调控策略；

 3.研究DNA代谢及基因组稳定性与肿瘤、男性不育、胚胎发育缺陷之间的联系，并深入探究这些过程中的分子机制及遗传基础；

热忱欢迎有理想的优秀本科或硕士毕业生加入我们的团队。本课题组长期招聘具有分子生物学、遗传学、细胞生物学、生物化学或生物信息学等相关专业或有学科交叉背景的技术员、研究助理和博士后等人员。

代表性研究论文(# 共同第一作者; * 共同通讯作者)

1. Liu, Y.#, Zhangding, Z.#, Liu, X.#, Gan, T., Ai, C., Wu, J., Liang, H., Chen, M., Guo, Y., Lu, R., Jiang, Y., Ji, X., Gao, N., Kong, D., Li, Q., Hu, J.* (2024) Fork coupling directs DNA replication elongation and termination. Science 383, 1215-1222.

2. Wu, J.#, Liu, Y.#, Ou, L.#, Gan, T.#, Zhangding, Z., Yuan, S., Liu, X., Liu, M., Li, J., Yin, J., Xin, C., Tian, Y., Hu, J.* (2024) Transfer of mitochondrial DNA into the nuclear genome during induced DNA breaks. Nat. Commun. 15, 9438.

3. Wu, J.#, Liu, Y.#, Zhangding, Z.#, Liu, X.#, Ai, C., Gan, T., Liang H., Guo, Y., Chen, M., Liu, Y., Yin, J., Zhang, W., Hu, J.* (2023) Cohesin maintains replication timing to suppress DNA damage on cancer genes. Nat. Genet. 55, 1347-1358.

4. Yin, S.#, Zhang, M.#, Liu, Y.#, Sun, X., Chen, X., Yang, L., Huo, Y., Yang, J., Zhang, X., Han, H., Zhang, J., Li, G., Xiao, M., Guan, Y., Liu, M., Hu, J.*, Wang, L.*, Li, D.* (2023) Engineering of efficiency enhanced Cas9 and base editors with improved gene therapy efficacies. Mol. Ther. 31, 3.

5. Wu, J.#, Zou, Z.#, Liu, Y.#,*, Liu, X., Zhangding, Z., Xu, M.*, Hu, J.* (2022) CRISPR/Cas9-induced structural variations expand in T lymphocytes in vivo. Nucleic Acids Res. 50, 19.

6. Liu, Y.#,*, Yin, J.#, Gan, T.#, Liu, M., Xin, C., Zhang, W., Hu, J.* (2022) PEM-seq comprehensively quantifies DNA repair outcomes during gene-editing and DSB repair. STAR Protoc. 3, 1.

7. Chen, X.#, Niu, X.#, Liu, Y.#, Zheng, R., Yang, L., Lu, J., Yin, S., Wei, Y., Pan, J., Sayed, A., Ma, X., Liu, M., Jiang, F., Liu, M., Hu, J.*, Wang, L.*, Li, D.* (2022). Long-term correction of hemophilia B through CRISPR/Cas9 induced homology-independent targeted integration. J. Genet. Genomics 49, 12.

8. Liu, Y.#, Ai, C.#, Gan, T.#, Wu, J., Jiang, Y., Liu, X., Lu, R., Gao, N., Li, Q., Ji, X., Hu, J.* (2021) Transcription shapes DNA replication initiation to preserve genome integrity. Genome Biol. 22, 176.

9. Liu, Y.#, Wang, L.#, Xu, X., Yuan, Y., Zhang, B., Li, Z., Xie, Y., Yan, R., Zheng, Z., Ji, J., Murray, J., Carr, A., Kong, D.* (2021) The intra-S phase checkpoint directly regulates replication elongation to preserve the integrity of stalled replisomes. Proc Natl Acad Sci U S A 118, 24.

10. Yin, J.#, Liu, M.#, Liu, Y.#, Wu, J., Gan, T., Zhang, W., Li, Y., Zhou, Y., Hu, J.* (2019). Optimizing genome editing strategy by primer-extension-mediated sequencing. Cell Discov. 5,18.