周源  研究员，长聘副教授

研究方向

RNA调控生物信息学

联系方式

zhouyuanbioinfo@hsc.pku.edu.cn

教育经历

2006年9月-2010年7月 首都师范大学生物科学专业 获理学学士

2010年9月-2015年7月 中国农业大学生物信息学专业 获理学博士

工作经历

2015年7月-2017年9月 北京大学医学部基础医学院医学信息学系 博士后

2017年9月-至今 北京大学医学部基础医学院医学生物信息学系 历任副研究员、研究员 

个人简介

周源，博士，基础医学院医学生物信息学系研究员、长聘副教授。2010年本科毕业于首都师范大学生物科学专业，2015年博士毕业于中国农业大学生物信息学专业，2015年-2017年北京大学基础医学院博士后工作，后留校任教。研究方向为RNA调控生物信息学，包括单细胞与空间转录组、RNA修饰与非编码RNA的生物信息学分析方法的开发与应用研究。建立了HMDD v3.0与TransmiR v2.0数据库，Database Commons生物学数据库全球影响力排名进入前10%。开发SRAMP、TAM2.0、GE-Impute、DNI-MDCAP、Celloc等多个生物信息学方法工具，累计使用超40万次。进一步应用生物信息学方法技术，探究干细胞表观遗传调控机制、miRNA性别偏好表达、二甲双胍的潜在作用机制与风险、疾病免疫细胞浸润特征等生物医学问题。以第一或通讯作者身份（含共同）发表SCI论文56篇。据Web of Science，总SCI他引超过4000次，H-index="30，ESI高被引论文3篇。获国NSFC青年（B类）项目资助，担任中国生物工程学会人工智能与生物技术专业委员会委员，Frontiers in Genetics、Biology期刊编委。

主持科研项目

1. RNA调控的生物信息学，32222020，国家自然科学基金优秀青年项目，2023/01-2025/12，200万元，在研，主持

2. 基于功能读出的m6A甲基化关键靶基因的计算筛选及其在巨噬细胞极化研究中的应用，32070658，国家自然科学基金面上项目，2021/01-2024/12，58万元，在研，主持

3. 基于上下文的RNA甲基化(m6A)谱的比较分析，31801099，国家自然科学基金青年项目，2019/01-2021/12，25万元，结题，主持

学术兼职

1.Frontiers in Genetics，Associate Editor

2.Biology，编委

3. Frontiers in Bioinformatics, Review Editor

 代表论文

1. Yuan Zhou#,*, Pan Zeng, Yan-Hui Li, Ziding Zhang, Qinghua Cui*. SRAMP: prediction of mammalian N6-methyladenosine (m6A) sites based on sequence-derived features.  Nucleic Acids Research , 2016,44(10):e91. [ESI高被引论文]

2. Zhan Tong#, Qinghua Cui, Juan Wang*, Yuan Zhou*. TransmiR v2.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database.  Nucleic Acids Research , 2019, 47(D1):D253-D258. [ESI高被引论文]

3. Zhou Huang#, Jiangcheng Shi#, Yuanxu Gao#, Chunmei Cui, Shan Zhang, Jianwei Li*, Yuan Zhou*, Qinghua Cui*. HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA-disease associations.  Nucleic Acids Research , 2019, 47(D1):D1013-D1017. [ESI高被引论文]

4. Rucong Liu#, Zibaguli Wubulikasimu#, Runze Cai, Fanyi Meng, Qinghua Cui, Yuan Zhou*,Yang Li* NAT10-mediated N4-acetylcytidine mRNA modification regulates self-renewal in human embryonic stem cells.  Nucleic Acids Research , 2023, 51(16): 8514-8531.

5. Xiaobin Wu#, Yuan Zhou*. GE-Impute: graph embedding-based imputation for single-cell RNA-seq data.  Briefings in Bioinformatics , 2022, bbac313.

6. Yan Huang, Ziding Zhang*, Yuan Zhou*. AbAgIntPre: A deep learning method for predicting antibody-antigen interactions based on sequence information.  Frontiers in Immunology , 2022, 13:1053617.

7. Yan Huang#, Stefan Wuchty, Yuan Zhou*, Ziding Zhang*. SGPPI: structure-aware prediction of protein-protein interactions in rigorous conditions with graph convolutional network.  Briefings in Bioinformatics , 2023, bbad020.

8. Xue Xu#, Yuan Zhou#, Xiaowen Feng#, Xiong Li#, Mohammad Asad, Derek Li, Bo Liao*, Jianqiang Li*, Qinghua Cui*, Edwin Wang*. Germline genomic patterns are associated with cancer risk, oncogenic pathways, and clinical outcomes.  Science Advances , 2020, 6(48): eaba4905.

9. Zhou Huang#, Leibo Liu#, Jiangcheng Shi, Qinghua Cui, Jianwei Li*, Yuan Zhou*. Benchmark of computational methods for predicting microRNA-disease associations.  Genome Biology , 2019, 20(1):202.

10. Jianwei Li*, Xiaofen Han, Yanping Wan, Shan Zhang, Yingshu Zhao, Rui Fan, Qinghua Cui, Yuan Zhou*. TAM 2.0: tool for microRNA set analysis.  Nucleic Acids Research , 2018,46(W1):W180-W185.