1954年9月 14 日，北京医学院基础医学部成立，标志着基础医学学科从此开始了新的发展之路。

1954 年，刘思职院士主编《生物化学大纲》，由人民卫生出版社出版，全书 67 万字，这是我国第一部自编的中文生物化学教科书。

1956 年 11 月，建立基础部党总支，下设五个教研组党分支部，九个学生党分支部，基础医学院党建工作从此开篇。

1960 年 2 月，北京医学院基础医学部改称基础医学系，建立了生物物理、物理两个专业，并招收学生，基础医学系开始迅速发展。

1977 年，创办基础医学专业（本科），为解决基础学科的师资建设和提升科研力量培养了大批的人才。

1980 年，开设医学实验大专班。

1983 年，生物物理教研室在关于人工膜理化性质的研究中发现了脂质体螺旋结构，被哥伦比亚大学生化教材书采用，结构照片被 Nature杂志选作封面，为祖国争得了荣誉。

1985 年 5 月，基础医学系更名为基础医学院。

1985 年，基础医学院的生理学、生物化学专业被批准为全国医学院校首批博士后科研流动站。

1986 年，设立基础医学博士后流动站，开始招收博士后，王志均、韩济生、张昌颖等著名学者成为首批合作导师。

1987 年，基础医学院韩济生教授人体针刺镇痛（AA）的神经化学原理研究成果获国家自然科学三等奖。

1990 年，生理教研室关于针刺镇痛原理的研究获得三项部委级奖励：

1990 年，国家中医药管理局中医科技进步二等奖、1990 年国家教委科技进步奖一等奖、1990 年卫生部科技进步三等奖。

1991 年，组织与胚胎学教研室的刘斌教授主编的《体外受精与胚胎移植》一书，由人民卫生出版社出版发行，这是我国大陆出版的第一部有关“试管婴儿”的专著。

1993 年，基础医学院陈慰峰教授发现 T 细胞受体基因重排在早期 T细胞阶段进行证明胸腺细胞功能成熟进行于髓质区，髓质型胸腺细胞分阶段、呈阶梯性获得免疫功能。

1993 年，庄辉教授课题组 “戊型肝炎病毒分子生物学、血清学、诊断方法及散发性戊型肝炎研究” 获国家科技进步二等奖。

1996 年，基础医学院生物化学与分子生物学系侯纬敏教授成功地从大鼠晶状体上皮细胞中克隆出全长的谷胱甘肽还原酶基因。基因序列及氨基酸序列均被美国的 Gen Bank（基因库）所接受，欧洲的 EMBL和日本的 DNA data bank 也给予收录。

1996 年，国家教委授权基础医学院建设“国家理科基础科学教学和研究人才培养基地”。

1998 年，庄辉教授课题组，完成了庚型肝炎病毒（HGV）分子生物学、实验室诊断、动物感染和流行病学研究成果，荣获教育部科技成果二等奖。

2000 年 4 月，基础医学院更名北京大学基础医学院。

2001 年，设立国内首个基础医学八年制专业。

2005 年，生物化学与分子生物学系尚永丰教授作为通讯作者在 Nature 杂志发表研究论文。

2008 年，北京大学生物医学实验教学中心被评为“国家级实验教学示范中心”。

2009 年，基础医学院开始实施新途径教改“1+1”教学模式和创新课程体系的教学改革，并成立了全国首个“PBL 教学中心”。

2009 年，基础医学院联合北京协和医学院、首都医科大学基础医学院，举办首届“医盟杯”首都医学生基础知识竞赛。活动迄今已举办 14 届。

2010 年，基础医学院获“北京市模范集体”。

2011  年，病理系顾江教授等“新发传染病的分子病理学和免疫学发病机制研究”获 2011 年度国家自然科学奖二等奖。生化与分子生物学系童坦君院士、张宗玉教授参加的“衰老的分子调控机制及个体化衰老评价的创建和应用 ”获 2010 年国家科技进步奖二等奖。神经生物学系韩济生院士获“2011 年吴阶平医学奖”。

2012 年，庄辉院士、鲁凤民教授参加的“中国人群肝病谱构建与 HBV 相关肝病集成防治策略的建立及应用”，获国家科学技术进步奖二等奖。方伟岗教授参加的“肿瘤血管生成机制及其在抗血管生成治疗中的应用”，获 2012 年度国家科学技术进步奖一等奖。王凡教授实验室自主研发的国家一类新药“新型特异性肿瘤显像剂”是国际上第一个用于 SPECT 显像的广谱肿瘤显像药物，得到国际核医学界的高度评价，引起国际广泛报道和关注。免疫学系自主研发的国家一类新药 “NY-ESO-1b 多肽疫苗”签约转让，获得了显著的经济效益。

2013 年，病理生理学、药理学、生物化学与分子生物学、人体解剖学、病理学、医学微生物学、医学免疫学七门课程被评为“2013 年国家级精品资源共享课”。基础医学学科在教育部第三轮学科评估中排名第一。

2016 年 ，基础医学院团委承办首届全国医学生创新创业论坛。

2018 年，王凡教授团队研制的 1 类新药“特异性肿瘤显像剂”获 CFDA 临床试验批文。

2018 年，基础医学院开始启动新时代教育教学改革，从 2019 级基础医学专业开始实施“以科学创新能力培养为核心的基础医学 +X 学科融合课程体系”的教学改革。

2019 年，基础医学专业入选国家级一流本科专业建设点。

2019 年，邓宏魁课题组发现功能成熟细胞在体外长期维持并建立体外大规模制备人功能成熟细胞的新方法，以及实现了经基因编辑后的成体造血干细胞在人体内长期稳定的造血系统重建。相关成果发表在 Science、New England Journal of Medicine 等顶级期刊。

2020 年，学院开设的《病理生理学》入选国家级线上一流课程，《人体解剖学》入选国家级线下一流课程，《BSL-2 实验室中流感病毒分离鉴定虚拟仿真实验》入选国家级虚拟仿真实验教学一流课程。

2020 年，基础医学专业纳入教育部强基计划， “未名学者基础医学拔尖学生培养基地”获批教育部首批基础学科拔尖学生培养计划 2.0 基地，开启基础医学专业博雅学堂班拔尖人才培养模式改革。

2020年，国际细菌学命名委员会将新发现的木米亚菌种命名为庄辉木米亚菌。

2021 年，基础医学院“人体解剖学”入选教育部课程思政示范课，授课教师入选课程思政教学名师和教学团队；张卫光教授获得首届全国高校教师教学创新大赛二等奖。周春燕教授主编的《生物化学与分子生物学 ( 第 9 版 )》（人民卫生出版社）荣获首届全国教材建设奖二等奖。

2022 年，学院拓展校企、校地科技合作，“北大医学部（泰州）医药健康产业创新中心”建设运营。邓宏魁教授使用化学重编程方法成功实现了使用化学小分子将人成体细胞诱导为多潜能干细胞；姜长涛教授揭示了烟草摄入期间尼古丁在肠道累积，通过肠道—肝脏交互调控促进 NASH 进展的新型分子机制，研究成果发表在 Nature 杂志。

2022 年，王韵教授牵头基础医学专业虚拟教研室，获批教育部首批虚拟教研室建设试点。

2022 年，牵头教育部基础医学“101 计划”建设工作。

2023 年，人才引育工作取得显著成效，获批 4 位国自然杰青、5 位国家级青年人才、1 位万人领军、2 位北自然杰青和 1 位北京市科协青年托举人才。

2023 年，获批 3 个国家级科研基地，科技部“血管稳态与重构全国重点实验室”、教育部“免疫相关重大疾病医药基础研究创新中心”及教育部“癌症整合组学前沿科学中心”。

2023 年，创新思维训练课程、医学免疫学原理入选第二批国家级一流本科课程。

2024年，庄辉教授获亚太肝病学会Okuda-Omata突出贡献奖。

2024 年，邓宏魁教授被授予未来科学大奖“生命科学奖”。